|
|
Liniová plasticita leukemických buněk. Význam pro detekci minimální reziduální nemoci a studium normální krvetvorby
Vakrmanová, Barbora ; Mejstříková, Ester (vedoucí práce) ; Šálek, Cyril (oponent) ; Klener, Pavel (oponent)
Akutní leukémie patří mezi nejčastější nádorové onemocnění u dětí. Rozeznáváme dva základní typy onemocnění dle linie, ze které leukemické blasty pochází - lymfoidní (ALL) a myeloidní (AML). Hlavním zaměřením této práce jsou leukémie ležící na pomezí těchto dvou skupin. Asi 2-5% leukémií v diagnóze nese znaky obou linií a nelze je přesně zařadit. V retrospektivní mezinárodní studii jsme zjistili lepší celkové přežití u pacientů léčených dle lymfoidního typu protokolu v porovnání s pacienty léčenými myeloidním typem protokolu, především pokud byl na blastech přítomný znak CD19. Další příklad plasticity leukemických buněk jsou ALL s časným přesmykem do monocytární linie. V konsekutivní kohortě jsme prokázali tento fenomén u 8% s B- prekurzorovou ALL. Objasnili jsme, že tento jev se nejčastěji vyskytuje u leukémií s aberacemi DUX4r, PAX5-P80R a ZNR384r. Z důvodu ztráty B lymfoidních znaků dochází k diskrepanci mezi minimální reziduální nemocí (MRN) vyšetřovaných dle průtokové cytometrie a dle přestaveb imunoreceptorových genů pomocí PCR. Transdiferenciaci do monocytární linie jsme zkoumali i pomocí hmotnostní cytometrie a určili sekvenci změn povrchových proteinů a transkripčních faktorů u jednotlivých genetických subtypů pomocí nového algoritmu tviblindi. V současné době se postupně do léčebných...
|
|
|
Human lymphopoiesis and its examination via single-cell analysis
Novák, David ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Vývoj lidských B-lymfocytů je spletitým dějem. Samoobnovující se kmenový progeni- tor v primární lymfoidní tkáni je nejdříve předurčen k vývoji v lymfoidní linii. Vývoj B-buněčnou cestou pak zahrnuje somatické genové rekombinace, které vedou k expresi povrchového antigenního receptoru. Funkčnost B-buněčného receptoru a podrobení buňky testování na autoreaktivitu jsou podmínkami pro diferenciaci ve zralý B-lymfocyt. Děje v rámci tohoto vývoje jsou často zkoumány pomocí single-cell analýzy skrze průtokovou cy- tometrii, fluorescencí aktivované třídění buněk a hmotnostní cytometrii. Propojení těchto vysoce výkonných metod s moderními přístupy k analýze dat skýtá obrovský potenciál v nacházení vzácných buněčných populací a odchylných událostí v rámci krvetvorby. Klíčová slova: B-lymfocyt, lymfopoéza, průtoková cytometrie, FACS, hmotnostní cy- tometrie, shluková analýza, FlowSOM, PCA, t-SNE, Wanderlust. 1
|
|
|
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
|
|
|
Studying lymphocyte development using mass cytometry
Novák, David ; Stuchlý, Jan (vedoucí práce) ; Špidlen, Josef (oponent)
Studium vývoje lymfocytů pomocí hmotnostní cytometrie Abstrakt Vývoj dospělých lymfocytů (podtypu bílých krvinek) je klíčový pro správnou funkci lidského imunitního systému. V současnosti lze studovat vývojové cesty po- mocí vysoce výkonných metod měření na úrovni jednotlivých buněk (single-cell). Hmotnostní cytometrie umožňuje studium imunologicky relevantních fenotypových a funkčních markerů ve velkém měřítku. V této práci představuji svůj osobní podíl na vývoji tviblindi, silného nástroje pro analýzu cytometrických dat zaměřenou na odhalení vývojových trajektorií. tviblindi je balíček napsaný v jazycích R, Python a C++. Poskytuje možnost integrace předchozích vědomostí a datových analýz založených na teorii grafů a algebraické topologii. Nástroj tviblindi je přístupný výzkumníkům v oblasti biologie bez přehledu v informatice a matemat- ice. Jedná se o příspěvek k rostoucímu počtu metod na poli trajectory inference (odhalování vývojových trajektorií) pro single-cell data. Mimoto shrnuji současné poznatky o vývoji T lymfocytů a provádím analýzu souboru dat z lidského thymu a periferní krve pomocí tviblindi a výsledky analýzy hodnotím. 1
|
|
|
Human lymphopoiesis and its examination via single-cell analysis
Novák, David ; Kalina, Tomáš (vedoucí práce) ; Drbal, Karel (oponent)
Vývoj lidských B-lymfocytů je spletitým dějem. Samoobnovující se kmenový progeni- tor v primární lymfoidní tkáni je nejdříve předurčen k vývoji v lymfoidní linii. Vývoj B-buněčnou cestou pak zahrnuje somatické genové rekombinace, které vedou k expresi povrchového antigenního receptoru. Funkčnost B-buněčného receptoru a podrobení buňky testování na autoreaktivitu jsou podmínkami pro diferenciaci ve zralý B-lymfocyt. Děje v rámci tohoto vývoje jsou často zkoumány pomocí single-cell analýzy skrze průtokovou cy- tometrii, fluorescencí aktivované třídění buněk a hmotnostní cytometrii. Propojení těchto vysoce výkonných metod s moderními přístupy k analýze dat skýtá obrovský potenciál v nacházení vzácných buněčných populací a odchylných událostí v rámci krvetvorby. Klíčová slova: B-lymfocyt, lymfopoéza, průtoková cytometrie, FACS, hmotnostní cy- tometrie, shluková analýza, FlowSOM, PCA, t-SNE, Wanderlust. 1
|
host ::
RSS.